Eine bedeutende Neuerung bestand in der Charta der Grundrechte der Europäischen Union, aus der der Teil II des Verfassungsentwurfs bestand. Diese Charta war bereits 2000 vom Europäischen Rat in Nizza verabschiedet und feierlich proklamiert worden, sie war jedoch zunächst ohne Rechtsverbindlichkeit geblieben.
Als neues direktdemokratisches Element sollte ferner durch Art. I-47 Abs. 4 VVE die Möglichkeit einer europaweiten Bürgerinitiative eingeführt werden. Dadurch sollte die Europäische Kommission aufgefordert werden können, einen Gesetzentwurf zu einem bestimmten Thema vorzulegen.
Nach dem bisherigen Vertragswerk besitzt lediglich die Europäische Gemeinschaft, nicht aber die Europäische Union Rechtspersönlichkeit. Dies bewirkt, dass die EG im Rahmen ihrer Kompetenzen allgemein verbindliche Beschlüsse fassen kann, während die EU lediglich als „Dachorganisation“ tätig ist. Insbesondere in der EU-Außenpolitik bedeutet dies, dass die EU nicht als eigenständige Institution auftreten kann, sondern immer nur in Gestalt ihrer einzelnen Mitgliedstaaten.
Eine weitere Neuerung des Verfassungsvertrags war die Institutionalisierung der Verstärkten Zusammenarbeit in Art. I-44 VVE. Darunter sind Integrationsschritte zwischen einer Gruppe von EU-Mitgliedern zu verstehen, wenn das Vorhaben in der gesamten EU nicht zu realisieren ist.
